Merkys – dešinysis Nemuno intakas, didžiausia pietryčių Lietuvos upė. Upės visas ilgis – 203 km, iš jų Lietuvoje – 185,2 km. Prasideda Ašmenos aukštumoje, Baltarusijoje, 1 km – siena, toliau – per Lietuvą. Nuo Tabariškių pasuka į vakarus, teka per Turgelius, Jašiūnus, Rūdninkus. Iki Jašiūnų teka senoviniu pelkėtu slėniu, nuožulniais, raguvų išraižytais šlaitais. Žemiau slėnis sausėja. Nuo Žagarinės pasukęs į pietvakarius teka per Valkininkus, Varėną, Perloją. Varėnos rajone teka Dzūkijos smėlynais, kol ties Varėnės žiotimis pasiekia kietą moreną. Nuo ten vagoje gausu riedulių, rėvų. Dzūkijos nacionalinio parko teritorijoje Merkio ilgis 37 km, čia į jį įteka begalė šaltinių. Pačiame žemupyje, įtekėjus Skroblui, keičia kryptį į šiaurės vakarus, įteka į Nemuną 418 km nuo jo žiočių, prie Merkinės, Merkinės piliakalnio papėdėje.
Didžiausi intakai:
kairieji – Šalčia, Verseka, Duobupis, Ūla, Grūda, Skroblus;
dešinieji – Lukna, Geluža, Spengla, Varėnė, Nedingė.
Upė gausiai maitinama požeminiais vandenimis, kurie sudaro daugiau nei pusę metų nuotėkio, todėl vanduo vasarą šaltesnis negu daugumos kitų Lietuvos upių.
Dabar Merkys bei sraunios, laukinės gamtos plotais tekančios jo baseino upės itin mėgiamos vandens turistų.